Dňa 1. mája 2016 vstúpili do platnosti nový Colný kódex Únie (Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady 952/2013) a vykonávacie ustanovenia delegovaného nariadenia (Nariadenie komisie 2015/2446), spolu s vykonávacím nariadením (Nariadenie komisie 2015/2447), ktoré tvoria nové základy colného práva aplikovateľného v celej EÚ. Hlavným cieľom novely je predovšetkým zefektívnenie colnoprávnych predpisov, zlepšenie právnej istoty a tiež prechod colných úradov na čisto elektronické prostredie.
Na základe uvedenej novely, sa v súčasnosti používanému štatútu „schváleného hospodárskeho subjektu“ (AEO) bude prikladať väčšia váha/dôležitosť. Všeobecne ide o spoločnosti, ktoré po splnení určitých predpokladov (dodržiavanie colných predpisov, riadne účtovníctvo, solventnosť)môžu uplatniť určité zjednodušenia v colných postupoch, ako sú napríklad centralizované colné konanie vo viacerých členských štátoch alebo oslobodenie od povinnosti predložiť tovar pri miestnom colnom konaní. Zároveň novelou Colný kódex Únie bude vyžadovať, aby sa žiadateľ štatútu AEO počas uplynulých troch rokoch nedopustil žiadnych závažných porušení daňových predpisov.
S platnosťou nového Colného kódexu Únie nastali aj zmeny v oblasti licenčných poplatkov.V minulosti licenčné poplatky často neboli súčasťou colnej ceny a následne nepodliehali žiadnym dovozným poplatkom. Avšak podľa nových predpisov sa licenčné poplatky pripočítajú k colnej hodnote aj vtedy, ak tovar bude možné predať kupujúcemu len, ak budú poskytovateľovi licencie zaplatené licenčné poplatky, alebo v prípade ak predávajúci bezpodmienečne vyžaduje zaplatenie licenčného poplatku tretiemu poskytovateľovi. Výsledkom by malo byť detailnejšie preverovanie obchodných zmlúv.
Nové colné právo ruší možnosť, kedy firma uviedla ako základ pre výpočet cla pri dovoze „cenu prvého predaja“ (t. j. cenu, ktorú má dodávateľ zaplatiť svojmu subdodávateľovi), namiesto ceny fakturovanej dodávateľom. Doterajšia úprava sa však môže prechodne naďalej uplatňovať do 31.12.2017, ale iba v prípade, že zmluva, na základe ktorej sa dodávka uskutočňuje, bola uzatvorená najneskôr do 18.01.2016.
Nové colné právo tiež prinesie ďalšie možnosti zániku colných dlhov. Konkrétne ide o situáciu, ak porušenie vedúce k vzniku colného dlhu nemá podstatné následky na riadny priebeh príslušného colného konania a dodatočne sú splnené všetky potrebné formality a tiež ak je preukázané, že tovar nebol spotrebovaný, ale len premiestnený z colného územia EÚ a nedošlo k podvodnému konaniu.
Ďalšie zmeny sa týkajú napríklad menej prísnych pravidiel pre opravu colných vyhlásení, zavedenia možnosti celkovej záruky pre viacero colných konaní, zmien v záväzných informáciách o nomenklatúrnom zaradení tovaru a o pôvode tovaru, predpisov o vyhláseniach dodávateľov, či zmeny, následkom ktorej v budúcnosti bude pre schválené umiestnenia tovaru principiálne potrebné zloženie záruky.